להלן, מפורטים סוגי הפרעות בגיל הילדות וההתבגרות להן נשקול לתת טיפול ב- EMDR כטיפול ראשוני.
מצבים טראומטיים: ילדים שחוו אירועים טראומטיים כגון: תאונת דרכים, פגיעה פיזית, פגיעה מינית, והתערבות פולשנית בבית חולים.

עדות לחוויה לא נעימה: ילדים שהיו עדים לחוויה לא נעימה כגון: צפייה בסרט אימה, עדות לאלימות כלפי אחר (בבית , בית הספר או בקהילה)
חרדות ופחדים: ילדים המבטאים מגוון של חששות מסיטואציות יומיומיות שונות (פחד מכלבים, מקולות חזקים דמויות מאיימות וכו’), כולל סיוטי לילה.
פוביות ספציפיות: EMDR הינה שיטת טיפול מועדפת בפוביות – חרדות ספציפיות הגוררות איתן הימנעות של הילד מכל פעולה בתחום. כגון: חרדה מטיפולי שיניים, חרדה ממעליות, חרדה מטיסות, חרדה מיציאה לטיולים ועוד.
אצל מתבגרים: חרדת בחינות, חרדה מפני עמידה מול קהל/כיתה, חרדות ביצוע שונות
מצבים גופניים: התגלתה כשיטה יעילה ביותר בטיפול בילדים הסובלים מכאבי ראש ומיגרנות, כאבי בטן או כאבים להם לא נמצא הסבר גופני.
הפרעות בלמידה: ניתן לשלב בהצלחה שימוש ב- EMDR בילדים הסובלים מהפרעות למידה ו- הפרעות קשב וריכוז ( ADHD). השיטה עוזרת בפיתרון מצבים טראומטיים העומדים בבסיס הלקות ומצבים הנלווים אליה. בנוסף היא עוזרת בויסות רגשי, רכישת כלים לריסון עצמי, שימת גבולות והעלאת היכולת לביטוי רגשי טוב יותר.